© Copyright by PZWL Wydawnictwo Lekarskie, Warszawa 2021

Wszystkie prawa zastrzeżone. Przedruk i reprodukcja w jakiejkolwiek postaci całości bądź części książki bez pisemnej zgody wydawcy są zabronione.

Autorzy i Wydawnictwo dołożyli wszelkich starań, aby wybór i dawkowanie leków w tym opracowaniu były zgodne z aktualnymi wskazaniami i praktyką kliniczną. Mimo to, ze względu na stan wiedzy, zmiany regulacji prawnych i nieprzerwany napływ nowych wyników badań dotyczących podstawowych i niepożądanych działań leków, Czytelnik musi brać pod uwagę informacje zawarte w ulotce dołączonej do każdego opakowania, aby nie przeoczyć ewentualnych zmian we wskazaniach i dawkowaniu. Dotyczy to także specjalnych ostrzeżeń i środków ostrożności. Należy o tym pamiętać, zwłaszcza w przypadku nowych lub rzadko stosowanych substancji.

Wydawca: Inga Markiewicz

Redaktor prowadzący: Beata Bednarczuk

Redaktor merytoryczny: Beata Tarnowska

Korekta: Bożena Hałuszczyńska

Producent: Adam Krajewski

Projekt okładki i stron tytułowych: Lidia Michalak-Mirońska

Ilustracja na okładce: Tomasz Dzieciątkowski

Skład wersji elektronicznej na zlecenie PZWL Wydawnictwo Lekarskie: Michał Latusek

eBook został przygotowany na podstawie wydania papierowego z 2021r. (wyd. I - suplement)

Warszawa 2021

ISBN 978-83-200-6417-9

PZWL Wydawnictwo Lekarskie

02-460 Warszawa, ul. Gottlieba Daimlera 2

tel. 22 695 43 21

www.pzwl.pl

Księgarnia wysyłkowa:

tel. 42 680 44 88; infolinia: 801 33 33 88

e-mail: wysylkowa@pzwl.pl

Bezpłatny fragment

CZĘŚĆ PRZEDKLINICZNA. ZAGADNIENIA OGÓLNE

5. Diagnostyka zakażeń SARS-CoV-2

5.1. Diagnostyka molekularna i serologiczna zakażeń SARS-CoV-2 - Tomasz Dzieciątkowski

5.1.1. Metody diagnostyki molekularnej SARS-CoV-2

5.1.2. Testy antygenowe służące do wykrywania białek SARS-CoV-2

5.1.3. Badania serologiczne służące do wykrywania przeciwciał anty-SARS-CoV-2

6. Farmakoterapia zakażeń SARS-CoV-2 i choroby COVID-19 - Krzysztof J. Filipiak

6.1. Ogólne uwagi dotyczące farmakoterapii

6.2. Zmienność zaleceń terapeutycznych oraz aktualne poglądy na leczenie zakażeń SARS-CoV-2 i choroby COVID-19

6.3. Leki aktualnie stosowane w zakażeniach SARS-CoV-2

6.3.1. Przeciwciała monoklonalne stosowane u pacjentów zakażonych SARS-CoV-2 w celu zapobiegania ciężkiemu przebiegowi choroby COVID-19

6.3.2. Remdesiwir

6.3.3. Glikokortykosteroidy

6.4. Przegląd leków postulowanych do stosowania oraz stosowanych eksperymentalnie w zakażeniach wirusem SARS-CoV-2 i w chorobie COVID-19

6.4.1. Leki przeciwmalaryczne stosowane w łagodnej formie choroby COVID-19 i ich kombinacje

6.4.2. Substancje o działaniu przeciwwirusowym inne niż remdesiwir

6.4.3. Leki przeciwcytokinowe i hamujące uogólnioną reakcję układu immunologicznego

6.4.4. Inne związki o niespecyficznym i słabo udokumentowanym działaniu immunomodulującym lub innych działaniach anty-COVID-19

6.4.5. Inne leki stosowane i postulowane do stosowania w chorobie COVID-19, nieklasyfikowane do powyżej omówionych grup

6.4.6. Ziołolecznictwo i alkaloidy roślinne

6.4.7. Tradycyjna medycyna chińska

CZĘŚĆ KLINICZNA. ZAGADNIENIA SZCZEGÓŁOWE

26. Metody profilaktyki COVID-19

26.2. Obecnie stosowane szczepionki przeciwko SARS-CoV-2 i ich dalsze perspektywy - Tomasz Dzieciątkowski

26.2.1. Przyczyny szybkiego opracowywania i rejestracji szczepionek przeciwko SARS-CoV-2

26.2.2. Rodzaje szczepionek przeciwko SARS-CoV-2

26.2.3. Charakterystyka szczepionek mRNA skierowanych przeciwko SARS-CoV-2

26.2.4. Zasada działania szczepionek wektorowych przeciwko SARS-CoV-2

26.2.5. Potencjalna rola szczepionek białkowych skierowanych przeciwko białku kolca SARS-CoV-2

26.2.6. Inaktywowane szczepionki przeciwko SARS-CoV-2 – zapomniana droga?

26.2.7. Przegląd wybranych badań poświęconych szczepionkom przeciwko SARS-CoV-2

26.2.8. Rola pojawiania się nowych wariantów genetycznych SARS-CoV-2 w kontekście skuteczności szczepionek

26.2.9. Problem niepożądanych odczynów poszczepiennych w przypadku szczepionek przeciwko SARS-CoV-2

26.2.10. Perspektywy szczepień przeciwko SARS-CoV-2

CZĘŚĆ PRZEDKLINICZNA. ZAGADNIENIA OGÓLNE

5

Diagnostyka zakażeń SARS-CoV-2

5.1. Diagnostyka molekularna i serologiczna zakażeń SARS-CoV-2

Tomasz Dzieciątkowski

Choroba COVID-19 spowodowała zakażenia na całym świecie i pochłonęła życie milionów ludzi, głównie w USA i Europie. Według aktualnej wiedzy dotyczącej pochodzenia i ewolucji koronawirusa SARS-CoV-2, który wywołuje chorobę, potencjalnym jego rezerwuarem są nietoperze. Nowy koronawirus przełamał barierę gatunkową i znalazł gospodarza wtórnego, jakim są łuskowce (pangoliny), a następnie został przeniesiony na ludzi. SARS-CoV-2 to wirus RNA z rodziny Coronaviridae, odkryty w mieście Wuhan w Chinach u pacjenta dotkniętego zapaleniem płuc o nieznanej etiologii. Na podstawie szybkiego wzrostu wskaźnika zakażeń oraz wskaźnika reproduktywności wirusa (R₀), Światowa Organizacja Zdrowia (WHO) ogłosiła pandemię tej choroby. Do 15 kwietnia 2021 r. na całym świecie zgłoszono ponad 140 milionów przypadków osób zakażonych SARS-CoV-2.

W diagnostyce wirusologicznej – w tym i wykrywaniu SARS-CoV-2 – istnieją trzy podstawowe typy testów: molekularne (genetyczne), antygenowe oraz wykrywające specyficzne przeciwciała anty-SARS-CoV-2. Testy molekularne służą do jak najwcześniejszego wykrywania aktualnie występującej infekcji (wykrywają ją najwcześniej od momentu zakażenia), natomiast te oparte na wykrywaniu antygenów i przeciwciał dają miarodajne wyniki później, ze względu na występowanie tzw. okna serologicznego. W przypadku COVID-19 okres ten wynosi co najmniej 10–14 dni (ryc. 5.1). Z tego też powodu WHO i FDA oraz ECDC rekomendują przede wszystkim testy oparte na metodach biologii molekularnej do diagnostyki ostrych zakażeń SARS-CoV-2. Testy antygenowe mogą stanowić jedynie ich uzupełnienie jako metoda przesiewowa (ryc. 5.2), ułatwiając jednocześnie podjęcie właściwych decyzji klinicznych.

Rycina 5.1

Wykonywanie poszczególnych typów testów w diagnostyce SARS-CoV-2.

Rycina 5.2

Schemat postępowania po wykryciu koronawirusa SARS-CoV-2.

5.1.1. Metody diagnostyki molekularnej SARS-CoV-2

W ciągu kilku tygodni od ogłoszenia pandemii COVID-19 opracowano i wdrożono testy do diagnostyki in vitro (IVD), służące wykrywaniu materiału genetycznego SARS-CoV-2, oparte na technikach biologii molekularnej. Pierwszy test reakcji łańcuchowej polimerazy w czasie rzeczywistym, połączony z odwrotną transkrypcją (RT-qPCR) do wykrywania RNA nowego koronawirusa został opracowany w Niemczech jeszcze na początku stycznia 2020 r. Bazował on na wykrywaniu specyficznych sekwencji genu kodującego białko osłonki β-koronawirusów (gen E) i genu RNA-zależnej RNA polimerazy (RdRp) nowego koronawirusa. Do diagnostyki stosowane są także startery i sonda wykrywające trzy regiony genów białka nukleokapsydu (gen N) SARS-CoV-2, które wykorzystują specyficzną sondę i startery dla trzech genów N (gen N1, N2, N3) z dodatkowymi starterami i sondą do wykrywania ludzkiego genu RNazy P, jako elementem kontroli wewnętrznej. Jak wynika z aktualnego stanowiska WHO, na obszarach, gdzie dochodzi do zakażeń populacyjnych COVID-19, wykrycie pojedynczego genu wirusa wystarcza do potwierdzenia zakażenia SARS-CoV-2. Podobnie i w Polsce, zgodnie z obowiązującą definicją przypadku infekcji COVID-19 z 31 października 2020 r., wykrycie pojedynczego genu wirusa pozwala na laboratoryjne potwierdzenie przypadku zakażenia. Jednak ze względu na ryzyko wyników fałszywie ujemnych, związanych z pojawieniem się nowych wariantów genetycznych wirusa, WHO rekomenduje stosowanie testów diagnostycznych wykrywających 2 lub więcej fragmentów genomu nowego koronawirusa. Z tego też względu w Polsce zaleca się stosowanie testów co najmniej 2-genowych, a optymalnie wykrywających 3 lub więcej obszarów genomu SARS-CoV-2.

Do jakościowego wykrywania określonej specyficznej sekwencji materiału genetycznego SARS-CoV-2, próbka kliniczna jest zwykle uzyskiwana w formie wymazów z nosogardła lub z gardła i nosa pobieranych jednocześnie. U pacjentów z kaszlem i odkrztuszaniem dobrym materiałem diagnostycznym może być także plwocina lub próbki śliny (tab. 5.1). Nie zaleca się jednak indukcji plwociny ze względu na narażenie personelu medycznego na powstające zakaźne bioaerozole. Należy jednak zawsze stosować materiał zalecany i zatwierdzony przez producenta dla konkretnego testu diagnostycznego. Niestety istnieje pewne ryzyko wyników fałszywie ujemnych, związanych z niewłaściwym pobraniem materiału klinicznego do badania, niewłaściwym przechowywaniem i transportem próbki czy obecnością inhibitorów reakcji PCR w pobranych próbkach. Prawdopodobieństwo wyników fałszywie ujemnych dodatkowo rośnie, gdy stosowane odczynniki laboratoryjne są zanieczyszczone lub upłynęła ich data ważności.

Tabela 5.1. Czułość testów molekularnych w zależności od rodzaju badanego materiału biologicznego

Rodzaj materiału klinicznego

Czułość

Wymaz z gardła i nosa pobierany równocześnie

97,0%

Wymaz z nosogardła

92,2%

Ślina pobrana z gardła

90,1%

Plwocina

87,5%

Wymaz z gardła

84,0%

Ślina

83,9%

Wymaz z nosa

82,0%

Kał

46,0%

Łzy / wymaz z worka spojówkowego

17,4%

Krew

7,3%

Mocz

0,0%

Obecnie zdecydowana większość dostępnych na rynku testów do szybkiej diagnostyki molekularnej zakażeń COVID-19 opiera się na metodzie RT-qPCR. W tym celu wirusowy RNA jest wstępnie ekstrahowany z próbki klinicznej, a następnie oczyszczany. Taka matryca RNA jest przepisywana na komplementarny DNA (cDNA) na drodze odwrotnej transkrypcji, który to jest dalej amplifikowany przez standardową reakcję PCR. Dostępne na rynku testy RT-qPCR funkcjonują w wariancie jednoetapowym (one-step) lub dwuetapowym (two-step). Jednoetapowy RT-qPCR odbywa się w jednej probówce, gdzie zachodzi zarówno odwrotna transkrypcja (RT), jak i później namnożenie matrycy za pomocą techniki PCR. W wariancie dwuetapowym RT-qPCR odwrotną transkrypcję i amplifikację kwasu nukleinowego przeprowadza się oddzielnie z niezależnie zoptymalizowanymi buforami reakcyjnymi. Z jednej strony testy one-step RT-qPCR są preferowane ze względu na swą szybkość i powtarzalność odpowiednią dla masowej diagnostyki COVID-19, ponieważ wymagają one ograniczonych ingerencji w próbki, co znacznie zmniejsza ryzyko kontaminacji oraz błędów ludzkich. Z drugiej strony metody two-step RT-qPCR są zasadniczo bardziej elastyczne i można je dopasować do indywidualnych warunków sprzętowych oraz oferują nieco lepszą czułość i niższą granicę wykrywalności.

Alternatywną metodą jest użycie techniki amplifikacji izotermicznej, połączonej z odwrotną transkrypcją (RT-LAMP), gdzie wykrywane są gen białka kolca (gen S) i gen ORF1a/b SARS-CoV-2, z użyciem 4 różnych starterów. Należy pamiętać, że użycie techniki RT-LAMP umożliwia otrzymanie wyniku w ciągu kilkudziesięciu minut, co byłoby bardzo przydatne w kwalifikowaniu pacjentów przy przyjęciu do szpitali. Badania wykonywane przy wykorzystaniu metod opartych na RT-qPCR trwają nieco dłużej, ale za to cechują się większą niezawodnością i specyficznością w porównaniu z techniką opisaną wyżej. Standardowy test RT-qPCR trwa średnio od 90 do 120 minut, natomiast badanie z użyciem technologii RT-LAMP można wykonać już w ciągu 15–30 minut. Ze względu na możliwość wykonywania większej liczby jednorazowych oznaczeń mogą być więc przydatne do badań epidemiologicznych na dużych grupach hospitalizowanych pacjentów lub osób poddanych badaniom przesiewowym. Do wizualizacji wyników w metodzie RT-LAMP stosuje się często techniki kolorymetryczne, które umożliwiają odczyt wyników amplifikacji wirusowego RNA gołym okiem, bez konieczności stosowania drogiego sprzętu laboratoryjnego.

Szybkie testy molekularne są szczególnie przydatne na oddziałach ratunkowych i szpitalnych izbach przyjęć (point of care), gdzie są potrzebne, aby przyspieszyć proces podejmowania właściwych decyzji klinicznych oraz potencjalnie zmniejszyć obciążenie pracą scentralizowanych laboratoriów diagnostycznych. W tym celu amerykańska firma Cepheid opracowała szybki test oparty na technice RT-qPCR, którego wykonanie, jak deklaruje producent, zajmuje 45 minut. Test ten, dostosowany do zautomatyzowanej platformy GeneXpert, otrzymał zgodę amerykańskiej FDA i jest już także stosowany w niektórych placówkach w Polsce.

Trzeba pamiętać, że testy RT-qPCR powinny być wykonywane w akredytowanych laboratoriach, które są wpisane na listę laboratoriów COVID Ministerstwa Zdrowia. Szybkie testy genetyczne (RT-qPCR lub RT-LAMP) mogą być stosowane także jako testy przyłóżkowe przez przeszkolony personel, jeżeli producent testu uwzględnił taką możliwość w procedurze rejestracji wyrobu medycznego do diagnostyki in vitro. Nadzór nad jakością tych badań pełni wówczas stosowne laboratorium wpisane na listę laboratoriów COVID Ministerstwa Zdrowia. W przypadku ograniczonej dostępności do badań genetycznych, należy priorytetowo traktować próbki pobrane od pacjentów z niewydolnością oddechową lub istotnym pogorszeniem stanu klinicznego oraz w stanach nagłych. Nadrzędnie trzeba również traktować diagnostykę szeroko pojętego personelu medycznego, pracującego z chorymi na COVID-19 i pacjentami mogącymi być nosicielami wirusa oraz manifestującego objawy zakażenia SARS-CoV-2.